In base all'ISO 14698-1, la scelta del metodo di campionamento dipende dall'applicazione utilizzata. Inoltre, bisogna prendere in considerazione taluni fattori riportati di seguito. Ad esempio, un'adeguata portata d'aria e velocità di impatto, l'accuratezza e l'efficienza di raccolta nonché l'effetto del metodo di campionamento sull'ambiente circostante rappresentano solo alcuni fattori da prendere in considerazione.
Quanto al monitoraggio di processo asettico, specialmente in aree critiche, la Particle Measuring Systems raccomanda vivamente un sistema di campionamento microbico (dedicato) fisso. Quanto invece al monitoraggio di aree meno critiche o ai controlli a campione della contaminazione microbica, i dispositivi d'urto per i campionatori di aria e i campionatori agar a fessura si raccomanda l'uso di piastre di coltura o l'adozione di metodi alternativi.
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